Qon yaratuvchi a'zolar va limfa tizimining buzilishlari: leykopeniya, qaytar neytropeniya, vaqtinchalik trombositopeniya, agranulositoz, eozinofiliya, pantsitopeniya, anemiya.
Immun tizimida buzilishlar: anafilaktik reaktsiyalar.
Yurakda o'zgarishlar: yurak to'xtashi.
Qon tomirlarida o'zgarishlar: arterial qon bosimining pasayishi, shok, vaskulit. Me'da-ichak tizimida o'zgarishlar: ko'ngil aynishi, psevdomembranozli kolit.
Jigar va safro yo'llarida o'zgarishlar: "jigar" transaminazalari faolligining ortishi.
Ko'rish a'zolarida o'zgarishlar: ko'zdan vaqtinchalik, uzoq muddatli (10 soatgacha) yosh oqishi.
Eshitish a'zolarida o'zgarishlar va labirint buzilishi: eshitish qobiliyatining vaqtincha yoki doimiy yo'qolishi, eshitish qobiliyatini yo'qotish, bosh aylanishi, quloqlarda shovqin.
Nafas olish tizimi, ko'krak qafasi va to'sh sohasi a'zolarining buzilishi: nafas qisilishi, tovushli nafas olish.
Teri va teri osti to'qimalarining buzilishi: toshma, qichima, eshakemi, eksfoliativ dermatit, yaxshi sifatli (IgA) pufakchali dermatoz, qichimali dermatoz, yomon sifatli ekssudativ eritema (Stivens-Jonson sindromi), toksik epidermal nekroliz; eozinofiliya va tizimli namoyishlar (DRESS sindromi) bilan kechadigan doriga bog'liq toshmalar.
Buyraklar va siydik yo'llarining buzilishi: buyrak etishmovchiligi, kreatinin va mochevina azotining zardob kontsentrasiyasining oshishi, interstisial nefrit, o'tkir buyrak etishmovchiligi. In'ektsiya joyidagi umumiy buzilishlar va o'zgarishlar: flebit, tananing beldan yuqorisi va yuzning giperemiyasi, ko'krak va orqa mushaklarining spazmlari, titroq, dori isitmasi, Ukol joyida og'riq, in'ektsiya joyida to'qima nekrozi. Vankomisinni juda tez quyish paytida yoki undan ko'p o'tmay, bemorlarda anafilaktoid reaktsiyalar paydo bo'lishi mumkin (qon bosimini pasaytirish, shok va yurakni to'xtatish, nafas olishda tovushlar paydo bo'lishi, nafas qisilishi, terida toshma, qichishish). Preparatni tezkor ravishda kiritish "qizil odam" sindromini ham keltirib chiqarishi mumkin (titroq, isitma, yurak urishi, tana yuqori yarmi va yuzning qizarishi, ko'krak va orqa mushaklarining spazmlari). Infuziyani to'xtatgandan so'ng, reaktsiyalar odatda 20 daqiqada tugaydi, ammo ba'zida bir necha soatgacha davom etishi mumkin. Vankomisin bilan davolangan bir qator bemorlarda ototoksiklik belgilari kuzatildi. Ular vaqtinchalik va doimiy bo'lishi mumkin. Ushbu holatlarning aksariyati vankomisinning yuqori dozalarini olgan bemorlarda, eshitish qobiliyatini pasayishi va buyrak etishmovchiligi bilan yoki ototoksikoz rivojlanishi mumkin bo'lgan boshqa dorilar bilan, masalan, aminoglikozidlar bilan bir vaqtda davolanadigan bemorlarda kuzatilgan.