1) пенициллинлар гуруҳи антибактериал воситаларга аллергик реакциялар бўлган беморлар учун;
2) бошқа антибактериал воситалар шу жумладан, пенициллинлар ёки цефалоспоринлар, қўлланилгандан кейин ижобий натижа олмаган ёки тавсия этиш мумкин бўлмаган беморлар учун;
3) бошқа антимикроб моддаларга чидамли, ванкомицинга сезгир микроорганизмлар чақирган инфекциялар.
Ванкомицин қўзғатувчилари метициллинга чидамли стафилококк инфекцияларда дастлабки терапия учун кўрсатилади, аммо антибактериал воситаларга сезгирлик бўйича тадқиқотлар натижаларини олгач, терапия мос равишда тўғирланиши керак.
Ванкомицин стафилококкли эндокардитни даволаш учун кўрсатилади. Унинг самарадорлиги стафилакокклар чақирган, жумладан, септицемия, суяк инфекциялари, пастки нафас йўллари инфекциялари, тери ва тери структуралари инфекцияларини даволашда тасдиқланган. Агар стафилококк инфекцияси йирингли ва маҳаллий бўлса, антибактериал воситалар тегишли жарроҳлик муолажасига қўшимча сифатида қўлланилади.
Ванкомицин Streptococcus viridans ёки S. bovis томонидан келиб чиққан эндокардитни даволаш учун монотерапия ёки аминогликозидлар билан биргаликда самарали эканлиги ҳақида маълумотлар мавжуд. Энтерококк (масалан, Е. faecalis) чақирган эндокардит учун ванкомицин фақат аминогликозидлар билан биргаликда қўлланганда самарали бўлиши мумкин. Ванкомицин дифтероид эндокардит давоси учун самарали эканлиги ҳақида маълумотлар мавжуд. Ванкомицин ёки рифампицин ёки аминогликозидлар билан ёки рифампицин ва аминогликозидлар билан биргаликда ишлатилади (масалан, клапан протезидан кейинги эрта даврда келиб чиққан S. Epidermidis ёки дифтероидлар чақирган эндокардитни даволашда). Ичиш учун ванкомицин Clostridiumdifficile чақирган псевдомембраноз колит ва Staphylococcusaureus чақирган энтероколитни даволаш учун ишлатилади. Бактериологик културалар учун намуналар патогенларни ажратиш ва аниқлаш ҳамда уларнинг ванкомицинга сезгирлигини аниқлаш учун олиниши керак.
Антибиотикка чидамлилигини ривожланишини камайтириш ва ванкомицинни ва бошқа антибактериал воситаларни самарадорлигини сақлаб қолиш учун, ванкомицин фақат ушбу воситага тасдиқланган сезувчанлик бўлган микроорганизмлар чақирган инфекцияларни олдини олиш ва даволаш учун фойдаланиш керак. Антибактериал воситаларга сезувчанликни ўрганиш натижаларини олгач, терапия мос равишда тўғирланиши керак. Бактериологик тадқиқотлар натижалари бўлмаса маҳаллий эпидемиологик тадқиқотлар маълумотлари кўриб чиқилади.